MySQL5.1にMySQL4.0からエクスポートしたデータをインポートしたら思い切り文字化けして参ったが、以下のページを参考にソースに1行追加することで対応できた模様。
うろぐ: MySQL4.1とPerlの間で起こる文字化け対策
修正ファイルと箇所は以下の通り。
Database.pm
$dbh = DBI->connect($dsn, $dbuser, $dbpass, { 'RaiseError' => 0}) or die $DBI::errstr;
$dbh->do("set names utf8");
強調文字部分を追加しただけで文字化けが無くなった。

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